De gemeente speelde in juli 2006 als toezichthouder een rol bij het vertrek van de Probo Koala uit de haven van Amsterdam met vermeend giftig afval aan boord. Een maand later droeg het door olieconcern Trafigura gehuurde schip het spul over aan een lokale afvalverwerker in Ivoorkust. Die zou het hebben gedumpt in de stad Abidjan, waardoor zestien mensen zouden zijn omgekomen en tienduizenden personen ziek zouden zijn geworden.Justitie klaagt Amsterdam aan voor het zich illegaal ontdoen van gevaarlijke afvalstoffen. De tweede aanklacht betrof dat de gemeente onterecht toestemming had gegeven voor het terugpompen van deze stoffen in de Probo Koala. Voor die laatste verdenking mocht Amsterdam volgens het gerechtshof niet worden berecht, omdat dit voortvloeide uit haar exclusieve overheidstaak waardoor de gemeente hiervoor strafrechtelijke immuniteit zou genieten.

De gemeente Amsterdam wijst er in een reactie op dat de Hoge Raad niet heeft uitgesproken dat de gemeente definitief geen immuniteit geniet. Volgens haar is de kans aanwezig dat de rechtbank, nadat zij zich over de eerste aanklacht heeft uitgesproken, opnieuw tot de conclusie komt dat de hoofdstad op het tweede onderdeel immuniteit moet krijgen.

De rechter stelde woensdag tijdens een regiezitting te streven naar een inhoudelijke behandeling van de zaak in juni. De officier van justitie, die nog wacht op een deskundigenrapport van Trafigura, heeft er een hard hoofd in dat dit lukt en vreesde niet voor 2011 zover te zijn. De rechter spreekt zich dinsdag 16 maart uit over diverse verzoeken van OM en de verdediging.

De Hoge Raad spreekt zich op 30 maart nog uit over de vraag of Dauphin vervolgd mag worden. Het OM vervolgt behalve Trafigura en de gemeente Amsterdam ook onder meer de kapitein van de Probo Koala en afvalverwerker Amsterdam Port Services. Het proces draait om wat zich destijds in Amsterdam afspeelde en niet om de gebeurtenissen in Ivoorkust.