Volgens de aanklager was de voormalige psychiater Karadzic, die in de jaren negentig president was van de zelfuitgeroepen Republika Srpska, van 1991 tot 1995 samen met anderen betrokken bij onder meer moorden, martelingen en terroristische acties tegen Bosnische moslims en Bosnische Kroaten. Hij wilde hen verdrijven uit de gebieden in Bosnië–Herzegovina die de Serviërs voor zichzelf opeisten. Karadzic was volgens de tenlastelegging met anderen verantwoordelijk voor de planning en uitvoering van de gehele of gedeeltelijke vernietiging van niet–Servische bevolkingsgroepen in een groot aantal gemeentes.De Bosnisch–Servische troepen die aan deze acties meededen, stonden onder politieke leiding van Karadzic. Militair leider was generaal Ratko Mladic.

Op 11 juli 1995 namen de Bosnisch–Servische troepen de moslimenclave Srebrenica in. Die werd beschermd door Nederlandse blauwhelmen en was door de VN aangemerkt als „veilige haven" waar tienduizenden moslims – burgers en militairen – naartoe waren gevlucht.

Na de val scheidden de Serviërs de moslimmannen van de vrouwen en kinderen. De mannen en jongens werden vastgehouden in Potocari, terwijl de vrouwen en kinderen in bussen werden afgevoerd.

Tussen 12 en 18 juli werden vervolgens duizenden moslimmannen rond Srebrenica systematisch geëxecuteerd. Een groep van 15.000 Bosnische moslims vluchtte de bossen in, maar duizenden mannen werden later alsnog gevangen genomen en gedood door Karadzics mannen.

Onder leiding van Karadzic werden tientallen kampen opgericht, waar Bosnische Kroaten en moslims werden vastgehouden. In kampen zoals die in Zvornik, Novi Grad en Prijedor werden honderden mensen gedood.

Van april 1992 tot november 1995 bestookten de troepen van Karadzic bovendien Sarajevo, waardoor veel slachtoffers vielen onder de burgerbevolking.