Hij volgt prof. dr. H. van der Ven op, zo liet de KUN zaterdag weten. Nissen (1957) studeerde theologie aan het priesterseminarie Rolduc in Kerkrade en in Nijmegen. Hij promoveerde in 1988 aan de toenmalige Katholieke Theologische Universiteit te Amsterdam op een proefschrift getiteld ”De katholieke polemiek tegen de dopers. Reacties van katholieke theologen op de doperse beweging in de Nederlanden (1530-1650)”.

Nissen werd in 1998 benoemd tot hoogleraar kerkgeschiedenis aan de KUN. Hij was daar toen universitair docent kerkgeschiedenis.