De medische isotopen die Petten produceert, voorzien in 60 procent van de behoefte in Europa. Wereldwijd kan slechts een handvol reactoren deze stoffen leveren. Ze worden gebruikt voor zowel diagnostische als therapeutische toepassingen: om organen, bloedstromen en tumoren in beeld te brengen of voor de behandeling van kanker.Hoewel NRG al sinds de jaren zeventig medische isotopen produceert, maakt het bedrijf daar naar buiten toe weinig melding van. In de loop van de jaren negentig verandert dat, en wordt de bijdrage aan de geneeskunde een van de argumenten om nucleair onderzoek te blijven doen in Nederland. De grootste problemen ontstaan als Petten molybdeen en iridium niet meer kan leveren.

Molybdeen-99

Molybdeen vormt met 90 procent van de hoeveelheid de belangrijkste medische isotoop van de HFR. Het Nederlandse aandeel is goed voor 30 procent van de wereldwijde productie. De stof wordt vooral gebruikt in de medische diagnostiek.

Iridium-192

De HFR levert 70 procent van het iridium voor medische toepassingen wereldwijd. Het wordt vooral gebruikt voor inwendige bestraling. De productie is goed voor zo’n 10.000 behandelingen per jaar, waarvan 1500 tot 3000 in Nederland.

Holium-166

Bolletjes met radioactief holium-166 worden gebruikt voor de behandeling van patiënten met leverkanker. Nadat de bolletjes in de bloedbaan worden gespoten, nestelen ze zich in tumoren in de lever. Ondertussen vervalt het holium en vernietigt de straling de kankercellen.

Jodium-125

Deze stof wordt sinds 1982 gebruikt voor de behandeling van prostaatkanker. Andere methoden, zoals verwijdering van de prostaat of uitwendige bestraling, geven evenveel kans op genezing, maar een groter risico op complicaties als impotentie, plasproblemen of beschadiging van de endeldarm. Vanaf de jaren zeventig wordt ook jodium-131 gemaakt in de HFR. Deze isotoop gebruiken medici voor de bestraling van de schildklier, maar hij wordt ook wel voor diagnostische toepassingen gebruikt.