De eerste editie van de destijds illegale protestantse verzetskrant verscheen in 1943 onder de naam Oranje–Bode. Medewerkers van de krant deden hun werk aanvankelijk met gevaar voor eigen leven. De Duitsers executeerden tijdens de oorlog 120 mensen wegens betrokkenheid bij het maken of verspreiden van Trouw.De krant fuseerde in 1972 met vier noodlijdende protestantse kranten in Zuid–Holland. De christelijke roots van de krant zijn nog steeds terug te vinden in de verhoogde aandacht voor onderwerpen als religie en filosofie.

De krant ontkwam het afgelopen decennium niet aan de malaise in de krantensector en worstelde met name tussen 2000 en 2007 met een dalende oplage. Sedert enkele jaren maakt de krant echter een verrassende groei door. Het dagblad kwam in 2009 in handen van De Persgroep. Dat leidde tot een reorganisatie, die naar verwachting voor april wordt afgerond.