Volgens Balkenende is het daarom nodig de richtlijnen waarop Natura 2000 is gebaseerd, te veranderen. Maar Barroso voelt daar niets voor. Dat blijkt uit een briefwisseling tussen beide heren die de Volkskrant zaterdag openbaar heeft gemaakt. In Europa moet een netwerk van aaneengesloten beschermde natuurgebieden komen, waaronder 162 in Nederland.Balkenende heeft vooral problemen met het zogeheten voorzorgsbeginsel, een belangrijk element van Natura 2000. Op grond daarvan mogen er geen economische activiteiten in waardevolle natuurgebieden plaatsvinden als planten– en dierensoorten daaronder te lijden hebben. Door de strikte ecologische invalshoek van Natura 2000 dreigen ondernemers in sommige regio’s hun levensonderhoud te verliezen, waarschuwt de premier.

De PvdA wil uitleg over de actie van Balkenende. Tweede Kamerlid Samsom van de regeringspartij spreekt van een „merkwaardige, onwenselijke en gelukkig volstrekt mislukte interventie van Balkenende om natuurbescherming te ondermijnen."

Ondernemingsorganisaties als VNO–NCW en MKB–Nederland stelden eerder dat de Natura 2000–regels nu nog te ingewikkeld zijn, de procedures te lang en de uitvoeringslasten te zwaar. Ondernemingen zijn volgens hen opgezadeld met de plicht om „bijna onmogelijk onderzoek" te doen naar de effecten van hun activiteiten op de natuur.