Zelaya werd in juni afgezet door het leger en overgebracht naar het buitenland. In september slaagde hij erin terug te keren naar Honduras. Hij zocht zijn toevlucht in de Braziliaanse ambassade in Tegucigalpa. Van daaruit bleef hij zich verzetten tegen het bewind van zijn opvolger, interim–president Roberto Micheletti.De nieuwe machthebbers en de ex–president kwamen na bemiddeling door de Verenigde Staten overeen dat het parlement zou beslissen of Zelaya zijn ambtstermijn alsnog zou mogen uitdienen. Van de 128 parlementsleden stemden woensdag (lokale tijd) 64 tegen een tijdelijke rentree van Zelaya. De afgezette president kreeg tijdens het zes uur durende debat slechts steun van negen parlementariërs.

De linkse liberaal Zelaya wilde zijn ambt weer uitoefenen tot 27 januari. Op die dag begint Porfirio Lobo aan zijn eerste termijn als president. Hij is lid van de conservatieve Nationale Partij van Honduras en won zondag de presidentsverkiezingen. Micheletti en Zelaya deden niet mee aan de stembusgang.