Na een zeereis van drie maanden verscheen Johan Maurits met zijn vlaggenschip De Zutphen op 26 januari 1637 voor de kust van Pernambuco, waar hij met saluutschoten werd begroet. Zijn reis was zeer voorspoedig geweest en daarom werd meteen een dankdienst gehouden voor de behouden aankomst. Hierna begaf de gouverneur zich naar Recife, dat enige decennia hoofdstad van Hollands Braziel was.

Allereerst inspecteerde Johan Maurits het leger. Hij gaf meteen opdracht tot reorganisatie. Als geen ander wist hij hoe een leger moest worden uitgerust en wat de fysieke omstandigheden in de tropen voor zijn manschappen betekenden. Hij formeerde 2600 man bezettings- en vestingtroepen, een veldleger van 2900 man en een reserveleger van 600 man. Wilde de kolonie Hollands Braziel tot bloei komen, dan moest deze in ieder geval van Portugese indringers worden bevrijd. De suikerrijke provincie Pernambuco leek veelbelovend en daarom moest deze het eerst veiliggesteld worden.

Als eerste werd de plaats Porto Calvo, 250 kilometer ten zuiden van Recife, op de Portugezen heroverd. Hierna bouwde de gouverneur versterkingen langs de rivier de Sao Francisco, die daardoor een natuurlijke verdedigingslinie vormde. Ten slotte slaagde Johan Maurits erin zijn gezag uit te breiden tot aan Maranhao, in het noorden van Braziel, en Sergipe, dat zuidelijk van Pernambuco lag. Het veroverde noordoostelijke gebied, spoedig Nieuw-Holland geheten, had een totale kustlengte van 2000 kilometer en varieerde in breedte van 100 tot 200 kilometer.

Bij zijn militaire operaties kreeg de graaf van Nassau steun van enige stammen van de Tapuya-indianen, onder wie de indianenkoning Jandovi (Jan de Wij), bij het verslaan van de Portugezen. Al spoedig wist de gouverneur door tactisch optreden, beminnelijkheid, geduld en hoffelijkheid zijn onderdanen voor zich te winnen. Hij voelde zich Braziliaan te midden van de indianen en mestiezen. Daardoor kreeg hij de bijnaam ”Maurits de Braziliaan”. Mede daardoor hielden de vriendschappelijke betrekkingen met de indianenstam van Jandovi jaren stand. Zij noemden hem „onze broeder.”

In zijn houding week Johan Maurits sterk af van zijn ambtgenoot Jan Pieterszoon Coen, die in Oost-Indië meedogenloos tegen de inheemse bevolking kon optreden. Na zijn maatregelen voor de beveiliging met succes te hebben afgerond, legde Johan Maurits zich toe op een goed geordend bestuur. Hij wilde zijn opdrachtgevers, de Heren XIX, bewijzen dat de kolonie bij goed beheer een renderend gewest kon worden. Dat kon voor de Republiek heel wat voordeliger uitvallen dan de wisselvallige en riskante kaapvaart.

Johan Maurits had een heel andere instelling tegenover land en volk van Hollands Braziel dan de bewindvoerders zich hadden voorgesteld. Hij wilde geen kolonie stichten op basis van onderdrukking, maar door een medemenselijke en tolerante houding wilde hij het vertrouwen van de inwoners winnen. Overigens waren de commerciële talenten van Johan Maurits minder sterk ontwikkeld dan de bestuurlijke. Overeenkomstig de instructies die hij van de Staten-Generaal had meegekregen, vormde hij als bestuurscollege of gouvernement de Hoge en Secrete Raad. Hiervan werd Johan Maurits zelf president. Hij werd bijgestaan door een driemanschap, bestaande uit de heren Van der Dussen, Van Ceulen en Ghysseling. Verder werd de wetgevende vergadering ingesteld, waarin zowel Hollanders als Portugezen zitting hadden. Ook stelde Johan Maurits regionale raden en gemeenteraden in, waardoor Portugese en Nederlandse kolonisten invloed konden uitoefenen op het plaatselijk bestuur. De Politieke Raad ten slotte kreeg de functie van gerechtshof voor civiele- en strafprocessen. Zaken van plaatselijke aard werden door schepenrechtbanken afgewikkeld.

Johan Maurits was zich bewust van mogelijke spanningen tussen de verschillende bevolkingsgroepen. Daarom zocht hij naar een dialoogmodel met de Brazilianen van Portugese afkomst. Hij riep daartoe de Algemene Vergadering bijeen, die het eerste parlement in Latijns-Amerika werd. Toen de Portugezen rond 1500 begonnen met de exploratie van Brazilië, hadden ze goede hoop dat ze delfstoffen zoals goud en zilver in de bodem zouden aantreffen. Toen dit niet het geval bleek te zijn, begonnen ze met de grootschalige verbouw van suikerriet. Het motief hiervoor was dat suiker en ook brazielhout in Europa gewilde producten waren. De markt was echter in handen van de kooplieden op de Amsterdamse beurs, die ervaring hadden bij de voorfinanciering van de Portugese ondernemers. Juist dit economisch aspect was een van de redenen voor oprichting van de West-Indische Compagnie in 1621.

Toen de Hollanders na de machtsoverneming in 1636 op inspectietocht gingen, troffen ze veel suikermolens in desolate toestand aan. De Portugese ondernemers waren meestal gevlucht of hadden hun suikermolen in brand gestoken. Het opnieuw in werking stellen van de molens was een kostbare zaak, de meeste suikerheren zaten krap bij kas door misoogsten of hadden schulden. In 1642 schreef Johan Maurits aan de Staten-Generaal dat de totale schuld van de suikerheren 75 ton aan goud bedroeg. Een ton goud had toen een waarde van 130.000 gulden. Desondanks bleef de compagnie de ondernemers financieel steunen door modernisering van hun installaties of door hun particuliere schulden te regelen.

De grootste debiteur was de Portugees Jorge Homem Pinto, die bijna 1 miljoen aan schulden had. Als onderpand bracht hij zijn negen molens in met toebehoren, 370 slaven en 1000 ossen. Een volop draaiende suikermolen vereiste een groot aantal gespecialiseerde functies en taken. Daaraan hebben de Hollandse investeerders nooit veel aandacht geschonken. Zij moesten volmondig toegeven dat zij de gespecialiseerde kennis voor de suikercultuur misten. Zonder hulp en ervaring van de lokale bevolking en de Portugese eigenaars konden de molens niet goed beheerd worden. Daarom zei een Hollandse magistraat in 1643 veelbetekenend: „Wij regeren ’t landt en d’inwoonderen, maar de Portugezen regeren onze middelen.”

De verdere inkomsten van de WIC bestonden uit buitgelden en slavenhandel. Pas nadat op instigatie van Johan Maurits de vrijhandel op Braziel werd ingesteld, bloeide de handel als nooit tevoren, maar nam ook de zorgeloosheid van de bewindvoerders toe. Gekscherend zei Johan Maurits daarover: „Beruchte klippen voor gouvernementen zijn gebrek aan durf en schrielheid.”