Ook financieel gaat het museum vooruit. Ruim 2 miljoen euro van de totale omzet komt uit entreegelden en ruim 1 miljoen uit andere inkomsten zoals zaalverhuur en horeca-inkomsten. Dat betekent dat ongeveer 65 procent van de inkomsten door Nemo zelf wordt opgebracht. De overige inkomsten komen van educatieve instellingen waarmee het wetenschapsmuseum samenwerkt, zoals de Universiteit van Amsterdam, de Hogeschool van Amsterdam en het Regionaal Opleidings Centrum (ROC).

Nemo bestond in juni 2002 vijf jaar. In die tijd is het het museum niet altijd zo voor de wind gegaan. In 1997 opende het zijn deuren onder de naam NewMetropolis. Het was geen succes en de eerste jaren trok het kolossale groene ’schip’ zo weinig mensen dat het failliet dreigde te gaan. In 1999 was de schuld opgelopen tot 14 miljoen gulden.

Het museum kreeg echter een tweede kans door een bijdrage van 11 miljoen gulden van het ministerie van Economische Zaken, het ministerie van Onderwijs en de gemeente Amsterdam. In juni 2000 veranderde het museum zijn naam in Nemo en kreeg het een nieuwe directie. Vanaf dat moment gaat het beter met het wetenschapsmuseum.

Door scholieren kennis te laten maken met wetenschap en technologie hoopt Nemo ze te motiveren om later te kiezen voor een wetenschappelijke studie of technische opleiding. Het museum heeft vorig jaar een verzoek ingediend bij het kabinet en de gemeente Amsterdam voor een overheidsbijdrage voor 2004-2008. De educatieve partners van Nemo zijn bereid te investeren, maar zij willen wel dat de overheid ook geld steekt in de instelling.