Krajisnik werd in 2006 in eerste aanleg veroordeeld tot 27 jaar cel. De strafkamer onder leiding van de Nederlandse VN–rechter Alphons Orie achtte hem toen schuldig aan onder meer moord, vervolging, uitroeiing en deportatie. Die misdaden gebeurden in het kader van de „etnische zuiveringen”: de Serven wilden moslims en Kroaten weg hebben uit de delen van Bosnië die zij voor zichzelf claimden. Van de aanklacht genocide werd Krajisnik toen al vrijgesproken.De beroepsrechters voegden daar dinsdag gedeeltelijke vrijspraak aan toe op een aantal punten waarvoor Krajisnik eerder was veroordeeld. Dit gebeurde veelal om formeel juridische redenen. Zo is Krajisnik volgens de Kamer van Beroep op een foutieve manier in verband gebracht met sommige door anderen gepleegde misdaden.

Met name vrijspraak op punten als moord en uitroeiing leverde Krajisnik enige strafvermindering op. Toch vonden de rechters de resterende veroordelingen voor misdaden als deportatie en etnische vervolging voldoende ernstig voor een veroordeling tot twintig jaar. De VN–aanklagers hadden levenslang geëist.

Karadzic had na zijn arrestatie vorig jaar nog geprobeerd zijn oude kompaan vrij te pleiten door als getuige op te treden tijdens het hoger beroep. De beroepsrechters toonden zich echter daarvan niet onder de indruk.

De zaak tegen Krajisnik is een van de langstlopende uit de geschiedenis van het tribunaal. De internationale troepenmacht in Bosnië lichtte hem bijna negen jaar geleden, in april 2000, van zijn bed en bracht hem over naar Den Haag. Bij de moeizame voorbereiding van het proces waren er tal van problemen, zoals met een advocaat die niet meer mocht praktiseren wegens een ethische fout. Het nieuwe team van de verdediging zou volgens Krajisnik onvoldoende voorbereid de rechtszaak in zijn gegaan.

Volgens de Kamer van Beroep heeft Krajisnik echter niet aangetoond dat hij geen eerlijk proces heeft gehad, ook al geven de vijf VN–rechters toe dat het tribunaal op enkele punten de schijn tegen heeft.