Moussaoui, die op 2 januari in de staat Virginia voor de rechtbank moet verschijnen, wordt aangeklaagd wegens samenzwering met de terrorist Osama bin Laden, negentien vliegtuigkapers en anderen. Hij zou een training hebben gevolgd in een kamp van Bin Ladens terroristische organisatie Al-Qaeda. Volgens het ministerie van Justitie zou hij levenslange gevangenisstraf kunnen krijgen.

Moussaoui, die al vast zit sinds 17 augustus, dus sinds bijna een maand voor de aanslagen, werd aanvankelijk door de justitie in de VS als ’de twintigste kaper’ beschouwd. Een vliegschoolhouder vertrouwde het niet toen Moussaoui alleen geïnteresseerd bleek te zijn in rechtdoor vliegen en het nemen van bochten en niet in opstijgen en landen. Hij waarschuwde de politie.

Die hield Moussaoui aan omdat zijn papieren niet klopten. Alleen daarom zou Moussaoui niet aan boord zijn geweest van het vliegtuig dat op 11 september in een veld in Pennsylvania neerstortte, kennelijk na een schermutseling tussen de kapers en de passagiers. Aan boord van dit toestel waren vier kapers, in de andere drie gekaapte toestellen waren vijf kapers aan boord gegaan.

Maar de Amerikaanse federale politie FBI heeft uiteindelijk geen aanwijzingen kunnen vinden dat Moussaoui inderdaad meegedaan zou hebben aan de aanslagen als hij niet had vastgezeten. In zijn computer zijn wel gegevens gevonden over sproeivliegtuigen en windrichtingen.

Moussaoui is de eerste verdachte die rechtstreeks in verband met de aanslagen is aangeklaagd. De aanklacht tegen hem beslaat dertig bladzijden en bevat zes onderdelen, waarvan er vier met de dood bestraft kunnen worden. Minister van justitie John Ashcroft noemde Moussaoui „een actieve deelnemer” aan de terreuraanvallen, die „dezelfde training onderging, hetzelfde geld ontving en dezelfde gelofte aflegde om Amerikanen te doden” als de vliegtuigkapers.

Ashcroft somde ook een lijst op van 23 medesamenzweerders die niet zijn aangeklaagd. Behalve Bin Laden staan op de lijst diens plaatsvervanger Ayman Zawahiri en financiële man Mustafa Ahmed al-Hisawi, alle negentien kapers van 11 september en de Jemeniet Ramsi Binalshibh, die volgens de federale recherche FBI als twintigste kaper aan boord van het vliegtuig had moeten zitten dat in Pennsylvania verongelukte voor het door de kamikazekapers als dodelijk wapen gebruikt kon worden.