Het logo van de gemeente heeft de vorm van de wieken van een molen, omdat Kaag en Braassem veel molens binnen zijn grenzen heeft. Elke wiek heeft een kenmerkende vorm en staat voor een thema dat belangrijk is in de gemeente. Een golvende wiek staat voor het water en de (water)recreatie, de vette paarse lijn staat voor de A4 en de HSL die de gemeente doorkruisen en de verstedelijking die om de gemeente heen plaatsheeft. Een rasterlijn symboliseert de kassen en de tuinbouw. Een groene lijn verbeeldt de akkers en de graslanden die de gemeente kenmerken, vooral vanuit de lucht bezien.Er is gekozen voor de overheersende kleuren groen en paars. Groen is de kleur van het landelijke, het agrarische en de natuur. Paars is een samenvoeging van het blauw van het water dat de gemeente rijk is en het rood van de verstedelijking om ons heen. Kaag en Braassem is dus een landelijke, waterrijke gemeente, maar wel centraal gelegen ten opzichte van de grote steden.

De nieuwe gemeente Kaag en Braassem ontstond per 1 januari 2009 uit de gemeenten Alkemade en Jacobswoude.