Wouters begon in januari 2005 als baas van de gevangenissen in Nederland. Volgens het departement heeft de organisatie onder zijn leiding de afgelopen vier jaar ingrijpende veranderingen doorgemaakt. Die waren mede het gevolg van de brand in het cellencomplex op Schiphol–Oost, waardoor in oktober 2005 elf mensen om het leven kwamen.De meeste leidinggevenden van de DJI werden ruim een jaar daarna vervangen om een open cultuur in de organisatie te krijgen. Wouters behield echter zijn functie en mocht een nieuw team om zich heen samenstellen.