Het hoogste bedrag is voor de manier waarop ProRail vervoerder Connexxion heeft behandeld bij de verdeling van capaciteit op de Valleilijn (Amersfoort-Ede-Wageningen). Connexxion won in 2007 de aanbesteding om op deze lijn treinvervoer te mogen verzorgen.De NMa kwam er na onderzoek achter dat ProRail de aanvraag van NS Reizigers (NSR), de andere gegadigde voor de lijn, met voorrang heeft behandeld. Dat was ten nadele van Connexxion, dat zich genoodzaakt zag de aanvraag voor de Valleilijn aan te passen aan de dienstregeling van NSR.

De aanvraag van NS Reizigers was gebaseerd op een eerder project waarbij Connexxion niet was betrokken. Volgens de NMa moeten aanvragen voor spoorcapaciteit op gelijkwaardige wijze worden behandeld en eerlijk worden afgewogen. „Doordat ProRail het belang van NSR heeft laten prevaleren, heeft ProRail naar het oordeel van de NMa gehandeld in strijd met het wettelijke gebod van non-discriminatie", aldus de mededingingsautoriteit.

De boete van 100.000 euro is aan ProRail opgelegd omdat het bedrijf zich niet heeft gehouden aan de termijn waarbinnen een capaciteitsanalyse van een bepaalde spoorlijn moet worden gemaakt. De verdeling tussen NSR en Connexxion op de Valleilijn leidde tot problemen. Als er een dergelijke ’overbelasting’ ontstaat moet proRail binnen zes maanden een analyse maken. ProRail overschreed die termijn met twee maanden.