Na de val van het socialisme in 1989 vond er in Zuid-Oost Europa ook bij islamitische groepen een religieuze heropleving plaats. Vanuit Arabische landen vestigden vele medewerkers voor hulporganisaties en missionaire bewegingen zich in de ex-communistische staten om de islam daar te verspreiden. De missionarissen die naar Albanië, Bulgarije, Kosovo en Macedonië waren gekomen, hadden echter geen overweldigend succes, blijkt uit een rapport van Jubilee Campaign. Hun activiteiten vormen dan ook geen bedreiging voor de godsdienstvrijheid.Onderzoekster Eline de Groot van de organisatie contateerde echter wel dat er op kleine schaal sprake is van nieuwe fundamentalistische moslimgroepen op de Balkan. Hoewel zij geen direct gevaar vormen, moeten ze volgens haar wel in de gaten gehouden worden. De Groot heeft niet de indruk dat de landen momenteel over de structuur beschikken om deze groepen op professionele wijze kunnen volgen en waar mogelijk in te dammen.

Het rapport stelt dat de onderzochte landen vanouds een „typisch liberale ’Balkantraditie’ van de islam” kennen en dat de radicale groepen daarom vooral voet aan de grond lijken te krijgen bij etnische minderheden, zoals de Pomaks en Roma’s in Bulgarije. De radicale islam kan daar gemakkelijk binnenkomen via ontwikkelings- en materiële hulp en het onderwijs. Waar veel liberale moslimgemeenschappen de gelden voor goed onderwijs ontberen, kunnen jongeren beurzen krijgen voor Arabische onderwijscentra.

De islamistische groepen die er zijn, opereren overigens niet een eenheid, aldus het rapport. De verschillende bewegingen verschillen teveel in overtuiging en in het uitvoerende werk om samen te werk te gaan.

In juli dit jaar deelde minister van Defensie Van Middelkoop mee dat ook de Nederlandse Militaire Inlichtingen- en Veiligheidsdienst onderzoek doet naar islamitisch fundamentalisme in de Balkan. Radicaalislamitische gemeenschappen in Bosnië, Macedonië, Kosovo, Montenegro en Servië zouden een netwerk vormen, aldus de minister in een verklaring.