Garzon verwierf internationaal bekendheid door zijn aanhoudingsmandaat tegen de Chileense dictator Augusto Pinochet. Hij heeft verscheidene ministeries, steden, universiteiten en ook de Rooms-Katholieke Kerk inzage gevraagd in de registers en andere documenten die informatie bevatten over de slachtoffers van de burgeroorlog en de repressie onder Franco.Volgens ramingen van historici vermoordden de troepen van Franco tijdens de burgeroorlog en de eerste jaren van de dictatuur 100.000 mensen. Garzon wil de documenten bestuderen om uit te maken of het nationaal hof bevoegd is om de aanklachten te onderzoeken die vorig jaar werden ingediend door de verenigingen van de nabestaanden van de slachtoffers.

Het initiatief heeft discrete steun in de regering van premier José Luis Rodriguez Zapatero. Maar de Partido Popular (PP) hakt hard in op Garzon. Ze vindt dat de zaak voor eens en voor goed gesloten is door een amnestiewet uit 1977 en een andere wet, de Ley de Memoria Historica, die pas vorig jaar werd goedgekeurd. Die wet laat geen nieuwe rechtszaken toe die gebaseerd zijn op politieke kwesties. PP-voorzitter Mariano Rajoy kantte zich tegen het „openen van de wonden uit het verleden” en voorspelde dat het initiatief tot niets zou leiden.

Misdaden
Garzon en zijn medestanders argumenteren dat de twee wetten een onderzoek naar misdaden tegen de menselijkheid niet uitsluiten. De documenten over de slachtoffers van de burgeroorlog en de dictatuur moeten uitsluitsel geven of die kwalificatie in dit geval van toepassing is.

Er bestaan geen officiële slachtofferlijsten van de burgeroorlog en de dictatuur. Op verschillende plaatsen in Spanje bestaan wel verenigingen die proberen uit te vissen wat er in die jaren precies is gebeurd. Drie van dergelijke organisaties uit Catalonië, Andalusië en Mallorca hebben vorig jaar de klachten ingediend die Garzon in actie deden komen. De verenigingen hebben getuigenissen verzameld over de wandaden van het regime van Franco, bevolkingsregisters doorgenomen en massagraven onderzocht waarin veel slachtoffers werden gedumpt. Op Mallorca zijn op die manier de namen van 198 mensen vastgesteld die vermoord werden onder Franco, en van 400 anderen die verdwenen.

De belangrijkste bron van informatie is allicht de Vallei van de Gevallenen, de grootste Spaanse oorlogsbegraafplaats. Volgens Anselmo Alvarez, de abt die de begraafplaats beheert, rusten er 34.000 mensen die stierven tijdens de burgeroorlog. De abt weet nog niet hoe hij op de vraag van Garzon zal antwoorden. Mandatarissen uit Granada en Cordoba hebben al wel hun medewerking toegezegd. Op het kerkhof van San José in Granada zijn volgens de plaatselijke onderzoeksvereniging onder Franco 2400 mensen doodgeschoten en bijgezet in massagraven.

Verzet
Garzon moet wel optornen tegen verzet uit gerechtelijke hoek. In februari eiste het openbaar ministerie dat de aanklachten van de onderzoeksverenigingen onontvankelijk zouden worden verklaard omwille van de amnestiewet uit 1977.

Volgens Juan Pablo Gonzalez, een woordvoerder van de Algemene Raad van Rechtelijke Macht (CGPJ), is Garzon niet bevoegd om ”historische onderzoeken” te voeren of lijsten op te stellen van de slachtoffers van de burgeroorlog. Zelfs Rechters voor Democratie (JpD), een progressieve organisatie, heeft kritiek.

Garzon kreeg ook een zware aanval te verduren door El Mundo, een van de belangrijkste kranten van Spanje. Dat leidde er weer toe dat de Raad van Rechters van het Nationaal Hof zijn verdediging op zich nam.