Het Joegoslaviëtribunaal in Den Haag veroordeelde Krajisnik in 2006 tot 27 jaar cel wegens het geven van de opdracht tot de vervolging van en moord op moslims en Kroaten in de beginfase van de oorlog in Bosnië (1992–’95). Volgens het vonnis was Krajisnik op de hoogte van de grootschalige detentie en verdrijving van burgers. Hij werd vrijgesproken van genocide.Het is ongebruikelijk dat de rechters in hoger beroep nieuw bewijsmateriaal accepteren of dat er nieuwe getuigen worden gehoord. Krajisnik had echter al tijdens zijn proces aangegeven dat hij Karadzic als getuige wilde opvoeren, omdat die zou kunnen bevestigen dat hij destijds alles had geprobeerd om een oorlog te voorkomen.

Karadzic werd onlangs in een buitenwijk van Belgrado gearresteerd en is sindsdien uitgeleverd aan het Joegoslaviëtribunaal, waar hij terechtstaat wegens genocide.