De Jemaah Islamiyah wordt door de Indonesische autoriteiten beschouwd als een van de mogelijke organisatoren van de aanslag van 12 oktober, waarbij ongeveer 200 mensen om het leven kwamen.

Taufik verklaarde dat de Indonesische justitie herhaaldelijk heeft gesteld dat het bewijs voor de betrokkenheid van de moslimorganisatie bij de aanslag rond is en dat hij Bashir geadviseerd heeft mee te werken met het politieonderzoek, maar geen vragen te beantwoorden over de aanslag op Bali. „De politie heeft gezegd dat ze bewijs hebben. Wij vragen hun ons dat bewijs te tonen”, aldus de advocaat.

De 64-jarige Bashir werd op 18 oktober aangehouden en lag daarna ruim tien dagen in het ziekenhuis. Hij is maandag vanuit Solo door de politie voor verhoor overgebracht naar Jakarta. Bashir heeft tegenover de media verklaard dat Jemaah Islamiyah geen rol heeft gespeeld bij de aanslag op Bali en dat zijn eigen aanhouding het gevolg is van zware buitenlandse druk.

De Jemaah Islamiyah streeft volgens tegenstanders naar een groot-islamitische staat in Indonesië, Maleisië, Singapore en een deel van de Filippijnen en zou mogelijk ook banden hebben met al-Qaida. Australië, de VS en inmiddels ook Groot-Brittannië hebben de organisatie op de lijst van internationale terreurgroeperingen geplaatst.