De schade aan de natuur die deze operatie oplevert, moet worden gecompenseerd door de aanleg van nieuwe natuur. Daarvoor moet de Zeeuwse poldergrond onder water worden gezet. Zeeuwen en ook verscheidene politieke partijen zijn daar fel tegen. Een commissie onder leiding van Nijpels zoekt nu alternatieven voor de twee gebieden, de Hedwigepolder en het Zwin, die aanvankelijk ontpolderd zouden worden. Voorstellen van de VVD om nergens te ontpolderen en pas in december, als de zoektocht van Nijpels bekend is, over de Scheldeverdragen te stemmen, vonden dinsdag onvoldoende steun.Minister Verburg (Landbouw) kreeg dinsdag de meerderheid achter zich door de Senaat te verzekeren dat de Vlaamse regering bereid is „serieus en welwillend” te overleggen over mogelijke alternatieven die de commissie–Nijpels vindt. Eerder kreeg ze al voor elkaar dat Nederland hiervoor tot 2010 de tijd krijgt en niet al in 2007 moest beginnen met natuurherstel.
Verburg had de Vlaamse premier Peeters daar dinsdagochtend speciaal nog voor gebeld. „Het Nederlandse voorstel op basis van de commissie–Nijpels kan rekenen op positieve Vlaamse medewerking”, vatte Verburg het telefonisch onderhoud samen. Nijpels presenteert zijn bevindingen uiterlijk 1 november. Tot 1 augustus kunnen nog suggesties bij hem worden ingediend.