Van Kilsdonk was tot en met 1982 jaren actief als studentenpastor in Amsterdam. Hij stond bekend om zijn progressieve opvattingen.De pater was tegenstander van het verplichte priestercelibaat en kwam op voor de rechten van vrouwen en homoseksuelen in de Rooms Katholieke Kerk. Zo omschreef hij homoseksualiteit als „een vondst van de Schepper.” Hij heeft vele aidspatiënten bijgestaan in hun laatste levensjaren.

In de jaren zestig eiste het Vaticaan zijn ontslag als studentenpastor nadat hij in een rede de „geestelijke terreur” van de leiding van de Rooms Katholieke Kerk had gehekeld. Na overleg met de toenmalige bisschop van Haarlem, Jan van Dodewaard, werd die eis teruggenomen.

De laatste jaren was Van Kilsdonk elke zondagochtend te vinden in de Dominicuskerk in het centrum van Amsterdam. Hij had daar een vaste plaats, die de kerkgangers zorgvuldig voor hem vrijlieten.