Op de Molukken en Sulawesi wordt Laskar Jihad verantwoordelijk gehouden voor de dood van duizenden christenen. Inmiddels hebben zo’n 1000 strijders Ambon verlaten en zijn 450 rebellen van Poso, op Sulawesi, teruggekeerd naar het hoofdkwartier in Sleman, op Java. De rest zou geleidelijk worden teruggetrokken.

Over de ware reden van de plotselinge opheffing wordt druk gespeculeerd. Vreemd is in elk geval dat nergens gerept wordt over terugtrekking uit Papoea. Volgens een medewerker van Open Doors in Indonesië kan dat betekenen dat lang niet alle Laskar Jihad-leden als werknemers worden gezien. „Het zou me niet verbazen als velen achterbleven, zowel op Papoea, de Molukken als op Sulawesi. Zij zijn er inmiddels getrouwd, hebben er werk gevonden, enzovoorts. En Java is overbevolkt.”

De vrees bestaat dat veel strijders hun wapens niet inleveren en gevaarlijker zijn dan toen ze nog in dienst van de Laskar Jihad waren, aldus de zegsman van Open Doors. Volgens dr. I. W. J. Hendriks, hoofd van de Protestantse Kerk van de Molukken, heeft het (gedeeltelijke) vertrek van de paramilitaire organisatie uit Ambon weinig indruk gemaakt op de gemiddelde burger. Het conflict is nog niet over, zegt hij. „Nog steeds worden er gebouwen ontruimd vanwege bommeldingen.” Lokale moslims zijn bang dat de christenen wraak gaan nemen voor de wandaden die ongestraft zijn begaan.

Indonesische christenen zijn weliswaar opgelucht na de opheffing van Laskar Jihad, maar verwachten niet dat hiermee een eind gekomen is aan het conflict. Ze vertrouwen de situatie niet en vinden de islamisering van Indonesië een verontrustend verschijnsel. Steeds meer vrouwen gaan gesluierd over straat, er komen islamitische programma’s op televisie en ondanks de ongunstige conjunctuur gaan ieder jaar meer Indonesiërs op bedevaart naar Mekka.

Op zaterdag 12 oktober, de dag van de bloedige aanslag op Bali, kondigde Laskar Jihad aan zijn activiteiten te stoppen. De organisatie wordt niet in verband gebracht met de aanslag.

Volgens een aantal deskundigen werkte het Indonesische leger samen met de Laskar Jihad, onder meer door de beweging niets in de weg te leggen bij de aanvoer van strijders.