De VWA is met de Algemene Inspectiedienst (AID) onder meer belast met de controle op de veetransporten en slachterijen. Verscheidene onderzoeken hebben aangegeven dat het VWA-toezicht op veetransporten in elk geval in 2006 te wensen overliet. Omdat de precieze aard en omvang van de misstanden niet duidelijk werd in die onderzoeken, gaat Vanthemsche de zaak nu verder analyseren. Minister Verburg (Landbouw) zegde eerder toe dat ze de Tweede Kamer rond de zomer zal informeren over de uitkomsten van het onderzoek.Vanthemsche is sinds maart voorzitter van de Belgische Boerenbond, maar de dierenarts maakte naam door de manier waarop hij het Voedselagentschap FAVV, de Belgische VWA, opzette. Hij werkt bij dit VWA-onderzoek samen met een onafhankelijk Belgisch onderzoeksteam, dat bestaat uit twee dierenartsen met ervaring op het gebied van volksgezondheidsbeleid en de keuringspraktijk en een FAVV-directeur.

In 2002 zorgde Vanthemsche ervoor dat de vijf overheidsdiensten die zich tot dan bezighielden met voedselveiligheid, na tien jaar ruziemaken één werden en goed gingen samenwerken. Hij stoomde het Voedselagentschap klaar om een nieuwe en prominente rol te spelen bij de bewaking van voedselveiligheid. De omvorming volgde op de dioxinecrisis die het land in 1999 hard trof.

Afgewerkte motorolie bleek te zijn verwerkt in vet voor veevoer, waardoor er te veel dioxine terechtkwam in de kippen en daardoor in hun vlees en eieren. Toen het schandaal bekend werd, lagen veel producten al in de winkels en ook in Nederland moesten honderden producten worden teruggehaald.

Het dioxineschandaal vond kort voor de verkiezingen plaats en kostte de toenmalige Belgische premier Dehaene uiteindelijk de kop. Vanthemsche was op dat moment kabinetschef van Landbouwminister Karel Pinxten en nam eind 1999 ontslag uit protest tegen de manier waarop tijdens de dioxinecrisis werd omgegaan met ambtenaren en de overheidsadministratie.

In 2002, toen Vanthmesche zich met het Voedselagentschap ging bemoeien, bleek het hormoon MPA in veevoer te zitten. Het bedrijf Bioland mengde Iers farmaceutisch afval in veevoer, waardoor varkens het hormoon binnenkregen en tijdelijk onvruchtbaar werden.

Het was niet het eerste hormoonschandaal in België. In 1995 werd de Vlaamse veekeurder Karel van Noppen vermoord. Van Noppen rapporteerde over wantoestanden die hij aantrof in een slachthuis en hij was fel tegen het gebruik van verboden groeihormonen in slachtvee. Runderen werden met hormonen in korte tijd slachtrijp gemest, maar de hormonen bleken wel schadelijk voor de consument. De rechtbank veroordeelde uiteindelijk niet alleen de schutter, een huurmoordenaar, maar ook de opdrachtgevers van de ’hormonenmaffia’, een veehandelaar en een varkensboer.