De instituten bevestigen volgens Tweede Kamerlid Marianne Thieme haar vrees dat stank en uitstoot van fijnstof zullen toenemen nabij megabedrijven, en de uitstoot van ammoniak schadelijk zal zijn voor de natuur. Ook zijn megabedrijven „een bron van infectieziekten”.Volgens Milieudefensie voldoen geen van de huidige zestig plannen voor de bouw van een megastal aan de criteria die in het rapport staan. „Ze staan te dicht op elkaar en zijn niet landschappelijk ingepast”, aldus campagneleider Wouter van Eck. „Nieuwe plannen zullen een fata morgana blijven omdat ze zoveel investeringen vergen dat het economisch niet uitkomt”.