Negroponte was van 2005 tot 2007 de eerste nationaal directeur inlichtingen na de hervorming van het Amerikaanse inlichtingensysteem.„In de periode waarin ik verantwoordelijk was voor de inlichtingendiensten, werd waterboarding (waarbij gevangenen de indruk krijgen dat zij worden verdronken, red.) niet meer toegepast”, aldus Negroponte in een interview met het blad National Journal. Vicepresident Cheney noemde waterboarding enkele jaren geleden „een belangrijk instrument in de strijd tegen het terrorisme.”

Critici noemen waterboarding daarentegen een vorm van martelen die nationaal en internationaal is verboden. Volgens sommige bronnen binnen de CIA is de methode toegepast op de eerste prominente al-Qaidagevangenen die na de septemberaanslagen in 2001 in Amerikaanse handen vielen. Justitie stelt momenteel een onderzoek in naar de vernietiging van video-opnamen van ondervragingen van al-Qaidagevangenen, waarbij de methode werd toegepast.