Het OM ging in 2006 in beroep tegen het vonnis van de rechtbank, die straffen tot vijftien jaar oplegde. Ook de verdachten tekenden beroep aan. Volgens het OM wilden de verdachten terreuraanslagen plegen en een islamitische staat in Nederland vestigen. De rechtbank achtte destijds niet bewezen dat de groep jonge mannen daadwerkelijk aanslagen aan het voorbereiden was. Het rechtscollege achtte wel bewezen dat de Hofstadgroep een terroristische organisatie vormt, gericht op haat zaaien, opruien en bedreigen.De rechtbank verklaarde leider Mohammed B. schuldig, maar legde hem geen straf op, omdat hij eerder al levenslang had gekregen voor de moord op Theo van Gogh, gepleegd op 2 november 2004 in Amsterdam. Tijdens het proces in hoger beroep refereerde het OM wel aan de moord als een daad waartoe het gedachtegoed van het Hofstadnetwerk kan leiden.

Dat geldt aldus het OM ook voor het geweld dat de arrestatie van vermeende Hofstadleden Jason W. en Ismaïl A. acht dagen na de moord op Van Gogh omgaf. De politie wilde dit tweetal aanhouden in een woning in het Haagse Laakkwartier. Het arrestatieteam werd door de verdachten bestookt met handgranaten, met gewonde politiemensen als gevolg. Er moesten speciale antiterreureenheden aan te pas komen om het duo te arresteren. W. raakte gewond door een politiekogel. Zowel W. als A. hoorde in hoger beroep achttien jaar cel tegen zich eisen.