Een van degenen die vrijgesproken werd, was Rabei Osman el-Sayed. Hij werd in Italië gearresteerd nadat de Italiaanse antiterreurpolitie Digos telefoongesprekken had afgeluisterd waarin hij verklaarde het brein achter de aanslagen te zijn. Tijdens het proces werd betoogd dat de in het Italiaans vertaalde transcripties van die gesprekken niet juist waren. Bij terreurprocessen in Nederland komen advocaten van terreurverdachten steevast met precies dezelfde argumenten: de tolken van politie en AIVD hebben belastende gesprekken niet op de juiste wijze vertaald en dus zijn ze onbruikbaar voor het bewijs.In eerdere terreurzaken bleken de vertalingen van de Digos echter uiterst betrouwbaar en leidden ze inderdaad tot veroordelingen. In Spanje gaat het openbaar ministerie dan ook in hoger beroep, want men ziet in Rabei Osman wel degelijk een van de hoofdverdachten: tegen hem was een zeer hoge straf geëist. Volgens de aanklagers bevond Rabei Osman zich tussen december 2003 en februari 2004 in Spanje, waar hij de voorbereidingen voor de aanslagen coördineerde. Twee weken vóór de aanslagen vertrok hij.

De rechtbank erkende wel dat Rabei Osman deel uitmaakt van een terroristisch netwerk, maar meende toch dat er onvoldoende bewijs was voor een veroordeling. Rabei Osman had overigens hoogst interessante contacten met terroristen in Nederland en België.

Er zijn meer vragen. Dat de ETA niet achter de aanslagen zat, is duidelijk. Maar wie dan wel? De aanslagen waren zó goed en zó grondig voorbereid, dat evenzeer duidelijk is dat het niet om een groep amateurs ging. Ze deden sterk aan het patroon bij eerdere aanslagen van al-Qaida denken: meerdere aanslagen die vrijwel gelijktijdig plaatsvonden. Verwijzend naar de aanslagen van 11 september 2001 en 11 maart 2004, verklaarde Osama bin Laden op 15 april 2004 in een ”boodschap aan de volken van Europa”: „Wíj hebben u met gelijke munt terugbetaald, ónze acties zijn slechts een reactie op die van u.”

Volgens Abdel Bari Atwan, een van de beste kenners van al-Qaida, zat Bin Ladens terreurnetwerk inderdaad achter de aanslagen in Madrid. Anderen ontkennen dit met grote stelligheid. De rechtbank erkende alleen dat al-Qaida „mogelijk een ideologisch referentiekader voor de daders vormde.” Overigens staat in het vonnis wél dat een van de verdachten, Youssef Belhadj, „lid was van een groepering die deel uitmaakte van al-Qaida.” Belhadj, die zich vaak in Brussel ophield, was lid van de Marokkaans-Islamitische Strijdgroep (GICM) en hield zich onder meer bezig met fondsenwerving. Hij kreeg twaalf jaar. Veel te weinig, vinden de aanklagers. Uit afgeluisterde telefoongesprekken bleek dat Belhadj al vijf maanden vóór de aanslagen wist dat er iets zou gaan gebeuren.

In het vonnis staat bovendien dat Jamal Ahmidan, de man die met zijn vele criminele contacten de explosieven voor de aanslagen regelde, in het jaar 2000 contact had opgenomen met de Spaanse Syriër Eddin Barakat Yarkas, „de hoogstverantwoordelijke in Europa voor het rekruteren van jihadistische terroristen.” Barakat Yarkas was tevens leider van het al-Qaidanetwerk in Spanje en werd daarvoor in 2005 veroordeeld.

Ahmidan en zijn vriend Abdelilah el-Fadoual el-Akil bevonden zich in Nederland toen zij met Eddin Barakat Yarkas contact opnamen. Het is niet onwaarschijnlijk dat beiden ook nadien nog contacten met belangrijke personen uit het al-Qaidanetwerk hebben onderhouden. De eerste contacten met al-Qaida waren mogelijk in 1999 gelegd, toen Ahmidan en El-Akil in Tsjetsjenië ”op jihad gingen”. Ahmidan behoorde tot de groep van zeven hoofddaders die zichzelf in april 2004 in een flat in een buitenwijk van Madrid opbliezen en hij kon dus niet worden berecht. Zijn boezemvriend El-Akil werd wel berecht en veroordeeld: hij kreeg negen jaar.

De rechtbank legde ten slotte onvoldoende accent op het motief van de daders. Volgens aanklager Olga Sanchez en onderzoeksrechter Juan del Olmo waren de organisatoren achter de aanslagen woedend over de Amerikaanse inval in Irak en met name over de aanwezigheid van Spaanse troepen in het land. Door middel van spectaculaire aanslagen die enkele dagen vóór de parlementsverkiezingen gepleegd werden, hoopten zij dat de conservatieve regering-Aznar het veld zou ruimen om plaats te maken voor een linkse regering die de Spaanse troepen uit Irak zou terugtrekken.

Aznar en zijn Partido Popular waren zo onverstandig om de ETA de schuld van de aanslagen te geven, terwijl al snel duidelijk werd dat het om moslimextremisten ging. De kiezers kregen het gevoel dat de regering hen om politieke redenen had voorgelogen en liepen massaal over naar het sociaaldemocratische kamp van José Luis Zapatero, die direct aankondigde de Spaanse troepen uit Irak te zullen terugtrekken. Dat was precies wat al-Qaida en de organisatoren achter de aanslagen hadden beoogd.