Door het toegenomen geweld in onder meer de provincies Kandahar en Uruzgan - waar onder anderen Nederlandse militairen verblijven - constateert de organisatie ook nieuwe vluchtelingenstromen binnen het land.Verreweg de meeste Afghaanse vluchtelingen zitten momenteel in Pakistan (circa twee miljoen) en Iran (ruim 900.000). De Unhcr werkt al sinds 2002 aan programma’s om Afghanen vrijwillig te laten terugkeren vanuit vooral Pakistan en Iran. Meer dan vier miljoen personen deden sindsdien mee. Ze kregen hulp van de VN in de vorm van onder meer huishoudpakketten. De Unhcr werkt ook aan verbetering en aanleg van water- en sanitaire voorzieningen in regio’s waar veel mensen terugkeren.

Voor grote groepen repatrianten is er nog aanvullende hulp nodig omdat velen geen landbouwgrond (meer) hebben, geen baan en geen toegang tot scholen of medische voorzieningen. Volgens de Unhcr moet de internationale gemeenschap dan ook meer doen om de situatie voor deze mensen en de rest van de Afghaanse bevolking te verbeteren.