Het leger is lang gekant geweest tegen de ontwikkeling van antiraketraketten. De filosofie was altijd dat de luchtmacht in geval van oorlogsdreiging raketten uit moet zien te schakelen voordat ze worden afgeschoten. Een vergeldingsactie zou bovendien vijandelijke staten moeten bewegen ze niet te gebruiken. Maar deze doctrine bleek niet meer te werken. In 1991 schoot Irak Scudraketten op Israël af en vorig jaar in de zomer schoot Hezbollah Katjoesja’s af op Noord-Israël. Het leger is nu overtuigd van de noodzaak van antiraketsystemen.Het Arrow-antiraketsysteem, waaraan Rubin leidinggaf in de jaren negentig, kwam al in 2000 gereed. Deze antiraketraket moet Israël beveiligen tegen langeafstandsraketten uit bijvoorbeeld Iran. Rubin zei dat raketten met kernkoppen op een hoogte van 40 tot 50 kilometer moeten worden onderschept om de straling op de grond te beperken. Het is onduidelijk hoe effectief de Arrow zal zijn als Israël wordt aangevallen met langeafstandsraketten, maar de proeven zijn veelbelovend.

Israël werkt ook aan een verdedigingssysteem tegen korte- en middellangeafstandsraketten. Eerdere plannen om met een laserstraal vijandelijke raketten in de lucht te verbranden, zijn geschrapt.

De zogeheten IJzeren Koepel moet straks bescherming bieden tegen korteafstandsraketten van Palestijnse makelij. Het verdedigingsmechanisme moet het voor Israël ook gemakkelijker maken zich terug te trekken uit de Westelijke Jordaanoever. Volgens berichten in de Israëlische media vindt Barak een terugtrekking pas verantwoord als Israël zich kan verdedigen tegen projectielen vanuit de te ontruimen gebieden.