De vergunning is al sinds eind 2002 van kracht en het vliegveld maakt er ook gebruik van. Volgens de vergunning mogen er per jaar 6000 kleine vliegtuigen landen en opstijgen. Tegen de vergunning wordt al jarenlang geprocedeerd. De Raad van State bepaalde eerder dat er een rapport over de milieueffecten van de uitbreiding van het vliegverkeer moest komen. Die zogeheten MER is er inmiddels, maar de vraag is nu of er in dat rapport al voldoende rekening is gehouden met de tweede fase van de uitbreiding. Die zou rond 2010 van kracht moeten worden. Dan moet de landingsbaan verlengd worden van 1250 meter naar 2100 meter, waarna ook grote passagiersvliegtuigen kunnen landen. Het aantal starts en landingen zou dan naar 14.000 per jaar gaan.Op een drie uur durende hoorzitting vrijdag bij de Raad van State werd lang stilgestaan bij de vraag of het protest van de gemeente Zeewolde wel behandeld kan worden. De gemeente diende destijds tegen de allereerste vergunning geen bezwaar in bij het ministerie van Verkeer en Waterstaat en volgens de regels van het spel kan dan ook geen hoger beroep worden ingesteld bij de Raad van State. Zeewolde heeft met name bezwaren tegen een vertrekroute, een van de drie, die over de gemeente heen loopt. Gemeentewoordvoerder mr. M. Soppe: „In die eerste plannen werd de route over Zeewolde niet genoemd. Die werd pas bij de uitwerking van de plannen duidelijk en toen hebben we meteen bezwaar gemaakt.”

Vliegvelddirecteur L. Oude Weenink toonde zich op de hoorzitting zeer teleurgesteld over de bezwaren van Zeewolde. „We hebben vanaf het begin alle gemeenten bij onze plannen betrokken, ook Zeewolde. We praten trouwens over één Fokker 50 per week die over Zeewolde vliegt. Bovendien kunnen de vertrekroutes in de tweede fase worden aangepast, zodat we helemaal niet meer over bewoonde gebieden vliegen.” Oude Weenink meldde hierbij dat de vertragingen die het gevolg zijn van alle bezwaren hebben geleid tot het faillissement van vliegmaatschappij RosAir, die op het vliegveld was gevestigd.

De woordvoerders van de Vereniging Natuur en Milieu Flevoland en van de Belangenvereniging Almere-Hout stelden dat er te veel onzekerheden zijn over de milieugevolgen. Deskundigen zeggen dat er „geen significante gevolgen” zullen zijn voor natuurgebied Oostvaardersplassen, maar de tegenstanders vinden dat te vaag. „Bovendien zijn vliegvelden notoire normovertreders”, zei L. Damen namens Belangenvereniging Almere-Hout. Hij had van een gepensioneerde KLM-piloot vernomen dat er in de praktijk vaak buiten de gebieden wordt gevlogen die als aanvlieg- of vertrekroute gelden en dat ook de vereiste vlieghoogte niet altijd wordt aangehouden.

Van de zijde van het ministerie van Verkeer en Waterstaat werd gemeld dat er voor de tweede fase een apart MER-rapport komt en dat er daarom in dit stadium slechts summier naar die tweede fase is gekeken.