Ten tijde van de genocide op Tutsi’s door extremistische Hutu’s in 1994, was Nsengimana de rector van Christ–Roi College in het zuiden van Rwanda. Volgens de aanklacht zou de priester vluchtelingen hebben overgedragen aan de Interahamwe Hutu–militie om te vermoorden en zou hij zelf meerdere moorden op zijn geweten hebben. Bovendien zou Nsengimana al vier jaar voordat de genocide plaats vond wapens hebben opgekocht om daarmee Tutsi’s te doden. In de tenlastelegging wordt hij als leider genoemd van een groep met de naam ’De Draken’ of ’Doodseskaders’.