Een reorganisatie binnen het bedrijf is daar onder meer de oorzaak van, zo blijkt uit het RET-jaarverslag 2006, dat maandag werd gepresenteerd.De reorganisatie zorgde in 2006 voor de nodige onrust onder het personeel, dat verscheidene malen het werk onderbrak en onder meer ook een wilde staking hield. Het aantal voltijdsarbeidsplekken is in 2006 met 250 verminderd naar 2745.

De kosten zijn in 2006 verlaagd met meer dan 30 miljoen euro per jaar. In 2007/2008 moeten deze met nog 14 miljoen extra omlaaggaan. Het aantal reizigers is na enkele jaren van daling stabiel gebleven en hun tevredenheid is gestegen.

Voorlopig blijft de RET het openbaar vervoer in de Rotterdamse regio verzorgen. Het bedrijf heeft in 2006 de busconcessie tot 2009 verkregen en de overige concessies (tram, metro, RandstadRail) lopen tot 2017.