Na het dichtdraaien van de subsidiekraan kwam er een vergoedingsregeling voor bedrijven die kosten hadden gemaakt voor het aanvragen van de subsidie, maar die aanvraag niet meer konden indienen. Daarnaast kwam er een overgangsregeling, zodat vooral agrariërs gestimuleerd zouden worden om vergistingsinstallaties aan te brengen.Voor de vergoedingsregeling was 70 miljoen uitgetrokken, maar er is slechts 14 miljoen uitgegeven. Daardoor kwam 56 miljoen euro vrij, en dat geld komt bij de 270 miljoen die was uitgetrokken voor de overgangsregeling.

Inmiddels zijn 106 aanvragen ingediend voor de vergistingsregeling en daarvan voldoen er 57 aan de eisen. Hiervoor zal 325 miljoen euro aan subsidie nodig zijn. Een loting tussen da aanvragers is dus niet nodig, aldus Van der Hoeven in een brief aan de Tweede Kamer.