Eind 2006 stond nog steeds een bedrag open van 5,7 miljard euro over de periode van 1993 tot en met 2006. Het gaat onder meer om contracten die zijn gesloten met VN–ontwikkelingsorganisaties. Het is volgens de Rekenkamer ook niet duidelijk op welke manier het ministerie de organisaties op de vingers tikt als zij zich niet aan de afspraken houden. De minister heeft onlangs een verbeterplan ingediend waar de Rekenkamer tevreden mee is.Het slechte beheer van de voorschotten is een van de in totaal zeven onvolkomenheden die de Rekenkamer heeft vastgesteld. Zo constateert zij ook dat Buitenlandse Zaken slecht op de centen let die worden uitgegeven aan de huisvesting en de declaraties van diplomaten op ambassades en buitenposten. Zestien van vierentwintig door het instituut onderzochte posten, bleken het door het ministerie toegekende budget voor huisvesting te overschrijden.

Daarnaast is het instituut erg kritisch over kostenoverschrijdingen bij twee nieuwbouwprojecten. Het grootst is deze bij de bouw van een nieuw kantoor in de Zuid–Sudanese stad Juba. Dit in 2006 gebouwde project kostte uiteindelijk 9,9 miljoen euro; bijna twee keer zoveel als was begroot.

De minister noemt deze kritiek van de Rekenkamer „eenzijdig". Het project in Juba is niet representatief voor het nieuwbouwbeleid en de te hoge huren van diplomaten worden weer gecorrigeerd door posten waar de kosten lager uitvallen, stelt hij in een reactie.