Deze manier van veehouderij heeft weliswaar belangrijke voordelen op het gebied van diergezondheid, maar bepaalde ziekten en aandoeningen komen in de biologische veeteelt juist meer voor.In het onderzoek van de Wageningen Universiteit werd gekeken naar het verschil tussen de gangbare veeteelt en de biologische veehouderij op het gebied van welzijn. Zo hebben melkkoeien in de biologische sector vaker uierontsteking. Biologische varkens blijken vaker long- en leverschade op te lopen.

In de biologische varkenshouderij komt doodliggen van de dieren in de stal vaker voor, doordat de zeugen vrij kunnen rondlopen. Het stof en de parasieten in de biologische, met stro bedekte stal veroorzaken meer long- en leverschade en de dieren zijn ook gevoeliger voor infecties. Maar de biologische stallen met grote buitenloop zijn wel weer gunstiger voor de stofwisseling van de beesten, die ook minder agressief zijn, aldus de onderzoekers.

Biologische kippen gedragen zich natuurlijker en zijn minder angstig. Maar ze hebben wel meer verwondingen door verenpikken. Dat komt doordat de snavels van biokippen niet gecoupeerd mogen worden, waardoor de kippen elkaar meer schade toebrengen. Verenpikken komt in de gangbare en biologische pluimveehouderij evenveel voor.