Sektarische moslimgroepen, verboden strengislamitische religieuze scholen (madrassas) en moskeeën kunnen ongestoord verder blijven werken in de hoofdstad van Pakistan. Ze sturen nog altijd opgeleide en getrainde strijders naar conflictgebieden zoals Afghanistan en Kasjmir.De ICG roept de internationale gemeenschap op druk uit oefenen op president Musharraf om strengere controles uit te oefenen op de madrassas, zoals hij tijdens de nasleep van 11 september 2001 en de bomaanslagen in Londen van juli 2005 heeft beloofd.

Onderzoek heeft aangetoond dat twee van de zelfmoordenaars in de metro in Londen hun opleiding hadden gekregen in een Pakistaanse religieuze school die een radicale vorm van de islam onderwijst. Dat verplichtte Musharraf ertoe strenge maatregelen te nemen, zodat hij kon bewijzen dat hij een bondgenoot was in de strijd tegen terreur.

Bijna twee jaar later blijft van die dure beloftes echter niet veel over. Volgens het rapport van de ICG heeft Musharraf slechts halfbakken maatregelen genomen om de madrassas aan te pakken en het religieuze extremisme in te dammen. Dat komt waarschijnlijk doordat Musharraf deels afhankelijk is van religieus rechts, zoals Jamiat Ulema-e-Islam (JUI), om in het zadel te blijven. JUI heeft het grootste netwerk van madrassas en is verbonden met Deobandi, een radicale Islamitische beweging.

De ICG bestempelt de afwezigheid in Pakistan van een agentschap dat de autoriteit heeft om de madrassas en zijn geldstromen te reguleren als een cruciaal falen. De Pakistaanse overheid is nog niet verder gekomen dan pogingen om het lessenpakket van de madrassas te hervormen en de scholen te verplichten om behalve religieuze lessen ook niet-religieuze cursussen aan te bieden. Deze maatregel heeft bovendien nauwelijks effect, omdat de meeste madrassas weigeren met de overheid samen te werken.

In zijn rapport stelt de ICG daarom voor om meer subsidies te besteden aan de openbare scholen die een tegengewicht voor de madrassas kunnen vormen. Andere maatregelen die de ICG voorstelt zijn: een „effectieve en verplichte” registratiewet voor madrassas, een orgaan dat de madrassas controleert en reguleert, het devalueren van diploma’s van madrassas in vergelijking met universiteitsdiploma’s en een effectief optreden tegen radicale partijen en groeperingen.

De ICG koppelt deze voorstellen aan vrije en eerlijke verkiezingen in 2007, die nationaal gematigde partijen meer politieke invloed moeten geven. Verschillende analisten geloven echter dat Musharraf helemaal niet de bedoeling heeft om vrije verkiezingen te houden, laat staan dat zulke verkiezingen de politieke situatie in Pakistan zullen verbeteren.