Het bedrijf wordt ervan beschuldigd maatregelen die het milieu minder moesten belasten achterwege te hebben gelaten om zo geld te besparen. Het afvalverwerkingsbedrijf zou van 1997 tot 2000 meer dan duizend strafbare feiten hebben gepleegd.Volgens officier van justitie I. Koopmans loosde het bedrijf afvalwater met kankerverwekkende stoffen in het milieu. „ATM hanteerde eigen normen, ze hebben bewust geaccepteerd dat er lozingen in het Hollands Diep en op de openbare riolering zijn gedaan met onder andere zware metalen, paks en cyanide.”

Het concern aan de Vlasweg in Moerdijk zou het ook niet nauw genomen hebben met de uitstoot van vervuilde lucht via de ketels en met het opslaan van verontreinigde stoffen. Daarnaast zouden de directeur en zijn bedrijf kwartaalcijfers hebben vervalst over de lozingen op het Hollands Diep.

Politie, justitie, het hoogheemraadschap, Rijkswaterstaat en het ministerie van VROM stonden in september 1999 op de stoep bij ATM. Meetwagens kwamen het industrieterrein op om de uitstoot in de lucht te meten. Er werden bij de afvoer naar het Hollands Diep monsters genomen van de lozingen en de boekhouding werd bekeken.

ATM is een van de grootste en meest veelzijdige afvalverwerkers van (gevaarlijke) afvalstoffen in Europa. Het bedrijf houdt zich bezig met het reinigen van grond, de verwerking van verfafval en slib, waterzuivering en reiniging van binnenvaarttankers. „Alle genoemde incidenten hebben geen nadelig effect gehad op de omgeving of op het milieu”, aldus J. D. „Wij hebben alleen aanvaardbare risico’s genomen.”