De school wilde acht bacheloropleidingen starten in Lelystad, maar kreeg na de aanvraag in 2004 slechts één licentie, die voor een opleiding verpleegkunde.Een belangrijke reden voor de weigering van het ministerie was het mogelijk negatieve effect van een vestiging in Flevoland op opleidingen in het noorden van het land. Die zouden dan mogelijk minder studenten trekken. Windesheim maakte tegen deze weigering bezwaar bij het ministerie, dat echter bij zijn besluit bleef. De school startte daarop in 2005 een beroepsprocedure bij de rechtbank in Amsterdam. Deze verklaarde het beroep deze week gegrond.

De staatssecretaris van OCW moet binnen zes weken een nieuw besluit nemen.