12 maart: De politie maakt een bom onschadelijk die in een van de in de treinen gevonden rugzakken werd gevonden. De bom bestaat uit explosieven en een mobiele telefoon.13 maart: De eerste verdachten worden gearresteerd: drie Marokkanen en twee Indiërs. Dezelfde dag wordt in de buurt van een moskee in Madrid een videoband gevonden waarop al-Qaida in Europa de verantwoordelijkheid voor de aanslagen opeist. Gezegd wordt dat de aanslagen zijn gepleegd als vergelding voor de aanwezigheid van Spaanse troepen in Irak en Afghanistan.

14 maart: De sociaaldemocratische PS verslaat bij de parlementsverkiezingen de regerende conservatieve PP. De PP loopt veel stemmen mis doordat de regering volhoudt dat de aanslagen het werk waren van de Baskische afscheidingsbeweging ETA, hoewel alles erop wijst dat al-Qaida erachter zat. De nieuwe regering besluit een paar weken later, zoals de PS in de verkiezingscampagne had beloofd, de Spaanse troepen uit Irak terug te trekken.

26 maart: In een plattelandshuisje bij Morata de Tajuna, waarvan de politie vermoedt dat de bommen waarmee de aanslagen zijn gepleegd daar zijn gemaakt, worden ontstekers, sporen van dynamiet en vingerafdrukken gevonden.

3 april: Zeven verdachten van de aanslagen blazen zichzelf op als de politie hen in een flat in een voorstad van Madrid, Leganés, wil arresteren. Later zegt de politie dat het de leiders van de cel die de aanslagen pleegde betrof.

11 april 2006: Negenentwintig verdachten van de aanslagen worden in staat van beschuldiging gesteld. Het zijn vijftien Marokkanen, negen Spanjaarden, twee Syriërs, een Egyptenaar, een Algerijn en een Libanees.

7 juli: Het gerechtelijk onderzoek naar de aanslagen wordt afgerond.

6 november: Het openbaar ministerie maakt bekend dat het tegen elk van de zeven hoofdverdachten meer dan 38.000 jaar gevangenisstraf zal eisen.

23 januari 2007: Het Nationaal Gerechtshof bepaalt dat het proces tegen de 29 verdachten op 15 februari begint.