Volgens de voormalig minister van Economische Zaken ging het al mis nadat in 2005 D66–vicepremier De Graaf aftrad, omdat de Eerste Kamer zijn voorstel voor de gekozen burgemeester had verworpen. Volgens Brinkhorst, die De Graaf opvolgde als vicepremier, ging de fractie om zich te profileren het kabinet voor de voeten lopen. Eerst gebeurde dat door compensatie te eisen voor gestegen energieprijzen, daarna door al een standpunt in te nemen over Uruzgan voordat het kabinet dat had gedaan. Dat leidde tot het aftreden van Boris Dittrich als fractievoorzitter. Lousewies van der Laan volgde hem op.Brinkhorst hierover: „De overtrokken behoefte van de fractie om zelfstandig te zijn werd alleen maar sterker na het aantreden van Lousewies". Volgens hem wilde zij als enige de lijn van de partij uitzetten, terwijl de lijsttrekker nog moest worden gekozen. „Lousewies trok de omgekeerde conclusie uit Uruzgan die ik had getrokken. Ze was ervan overtuigd dat zij in een nog eerder stadium de zaken naar zich toe moest trekken om ervoor te zorgen dat de ministers haar niet voor de voeten konden lopen. Ik was verbijsterd. Je zou zeggen: een ezel stoot zich niet twee keer aan dezelfde steen, maar de fractie deed dat wel, vol overgave".

Het debat over het Nederlanderschap van toenmalig VVD–Tweedekamerlid Hirsi Ali leidde tot het vertrek van D66 uit de coalitie met CDA en VVD. In tegenstelling tot de fractie van D66 zag Brinkhorst er geen kwaad in dat Hirsi Ali van VVD–minister Verdonk een excuusbrief moest schrijven. „Ik vond niet dat er onoirbare druk op Hirsi Ali was uitgeoefend". Hij verwijt de fractie dat die toen als een „blind paard" achter een motie van GroenLinks aanholde.

Over de toekomst van de partij zegt Brinkhorst: „Ik vind dat we met alle sociaalliberalen binnen de VVD en de PvdA om de tafel moeten om te praten over iets nieuws".