Goddijn, die al enige tijd ernstig ziek was, trad in 1941 in bij de franciscanen en werd zes jaar later tot priester gewijd. Hij was van 1963 tot en met 1972 directeur van het Pastoraal Instituut van de Nederlandse Kerkprovincie (PINK) en van 1965 tot 1972 secretaris-generaal van het Pastoraal Concilie. In dat concilie probeerden de Nederlandse bisschoppen onder leiding van kardinaal Alfrink de resultaten van het Tweede Vaticaans Concilie (1962-1965) voor de Nederlandse Rooms-Katholieke Kerk uit te werken.Van 1972 tot en met 1985 was Goddijn hoogleraar sociologie van kerk en godsdienst aan de toenmalige Katholieke Hogeschool Tilburg.

Goddijn heeft vele boeken op zijn naam staan. In 1960 publiceerde hij samen met zijn broer ”Godsdienstsociologie”. In ”Rode oktober. Honderd dagen Alfrink” (1983) beschreef hij aan de hand van zijn dagboekaantekeningen de beslissende fase in het Pastoraal Concilie, toen de meerderheid van de deelnemers zich voor afschaffing van het verplichte priestercelibaat uitsprak. Een van de deelnemers die zich tegen die uitspraak verzette en daardoor opviel, was de huidige aartsbisschop van Utrecht, Simonis.

In het boek ”De moed niet verliezen. Kroniek van een priester-socioloog 1921-1972” beschreef Goddijn de ontwikkelingen in de Nederlandse Rooms-Katholieke Kerk in oorlogstermen. Hij vergeleek de benoeming door Rome van de behoudende bisschoppen Simonis (eind 1970) en Gijsen (1972) met de bezetting van Nederland door de Duitsers in 1940.

Goddijn schreef jarenlang over kerkelijke ontwikkelingen in NRC Handelsblad.