De rechtse krant Gazeta Polska heeft Wielgus ervan beschuldigd dat hij in de tijd van het communisme meer dan twintig jaar informant van de geheime dienst is geweest. Wielgus, nu nog bisschop van Plock, heeft de aantijging tegengesproken. Hij zegt dat hij vaak agenten van de geheime dienst heeft gesproken, maar alleen als hij op het punt stond naar het buitenland te reizen.Volgens het Poolse persbureau PAP is de Gazeta Polska van plan zijn beschuldigingen tegen de toekomstige aartsbisschop te staven door documenten van de geheime dienst op internet te zetten.

Ook ombudsman Janusz Kochanowski heeft een commissie ingesteld om het verleden van Wielgus te onderzoeken. Hij besloot daartoe nadat rechtse senatoren een beroep op hem hadden gedaan om de goede naam van Wielgus te verdedigen. Paus Benedictus heeft zijn vertrouwen uitgesproken in de man die hij op 6 december tot aartsbisschop van Warschau benoemde.

In de Poolse Rooms-Katholieke Kerk is de omgang met mensen die informant van de communistische geheime dienst zijn geweest al maanden een bron van controverse. Vooral geestelijken die slachtoffer van hen zijn geworden, eisen opheldering. Glemp was daartoe echter maar met moeite te bewegen. De kerk was onder de communisten de belangrijkste steunpilaar van de oppositie tegen het regime.