Van 1976 tot 1988 leidde hij het bureau voor gerechtigheid en verzoening van de Zuid-Afrikaanse Raad van Kerken.Kistner was de zoon van een uit Duitsland afkomstig zendelingenechtpaar. Hij studeerde in Zuid-Afrika, Nederland en Duitsland geschiedenis en theologie. Na zijn terugkeer in Zuid-Afrika leidde hij een zendingsschool. Vervolgens was hij docent aan het theologisch seminarium van de universiteit van Natal in Pietermaritzburg, waar hij lutherse predikanten opleidde. Als medewerker van de Raad van Kerken nam hij het initiatief voor allerlei vormen van verzet tegen het apartheidsbeleid.

In juni 1986 werd Kistner gearresteerd. Hij zat een week vast en stond daarna een halfjaar onder huisarrest. Twee jaar later onderscheidde de West-Duitse regering hem met het Bundesverdienstkreuz.