Na zijn val als machthebber in 1989 woonde Stroessner in ballingschap in de Braziliaanse hoofdstad. Stroessner pleegde een staatsgreep in 1954. Tot op de dag van vandaag is hij de meest gehate persoon in Paraguay. President Nicanor Duarte zei dinsdag nog dat er geen plannen zijn voor een herdenkingsdienst voor het oud-staatshoofd.De regering van Stroessner speelde een sleutelrol in Operatie Condor, een samenwerkingsverband van rechtse, militaire regimes dat in het geheim werd gesteund door Amerikaanse geheime diensten. Het doel van deze operatie in de jaren ’70 en het begin van de jaren ’80 was het onderdrukken van linkse dissidenten in Zuid-Amerika.

Stroessner zorgde ervoor dat hij om de vijf jaar werd herkozen. Onder zijn regime steeg het aantal mensenrechtenschendingen. In die tijd veranderde Paraguay in een moderne natie, maar de meeste rijkdom bereikte de gemiddelde burger niet.

In het midden van de jaren ’80 groeide de ontevredenheid onder de Paraguyanen. Stroessner was een trouwe bondgenoot van de Verenigde Staten, maar in 1986 omschreef de regering van president Ronald Reagan de heerschappij van Stroessner als een dictatuur. Tevens begonnen elementen in Stroessners Coloradopartij, zijn belangrijkste machtsbasis, hem te beschuldigen van repressie. In 1988 deed hij pogingen de teugels aan te halen, onder meer door een groot aantal legerofficieren met pensioen te sturen. De invloedrijke legercommandant Andres Rodriguez weigerde echter te wijken en rebelleerde. Stroessner haalde bakzeil en kreeg asiel aangeboden in Brazilië.