De terroristen wisten al af van het programma omdat de regering van president George Bush er al over had gesproken, zei Keller in het programma Face the Nation van CBS. Daarmee deed hij de beschuldiging van Bush dat de publicatie de Verenigde Staten ernstig geschaad hebben, van de hand. Ook succesvolle -en niet alleen illegale- operaties in de zogenoemde oorlog tegen het terrorisme zijn nieuwswaardig, zei Keller.The New York Times houdt vaak informatie achter als „levens duidelijk in gevaar zijn”, zei Keller. Terroristen en hun financiers waren volgens hem echter al op de hoogte van de Amerikaanse controle van banktransacties, omdat het Witte Huis er openlijk over heeft gepraat dat het deze in de gaten houdt. „Voor de terroristen is het geen nieuws.”

De publicatie van het CIA-programma leidde tot een storm van protest, met name van Republikeinen. Congreslid Peter King vindt dat The New York Times moet worden aangeklaagd voor het herhaaldelijk publiceren van geheime informatie. The New York Times kan niet van twee walletjes eten, zei hij. De krant kan niet zeggen dat de publicatie onschadelijk is omdat „iedereen het al wist” en het tegelijk op de voorpagina zetten omdat het zo „geheim” was, aldus King op CNN.

Keller zei dat juist de regering van twee walletjes wil eten. Als ze een succesvol programma in de krant wil, neemt ze contact op met de krant, maar als de Times schrijft over iets wat ze stil wil houden, poogt ze publicatie tegen te houden, aldus Keller. De kritiek op de Times verklaarde hij door erop te wijzen dat het een verkiezingsjaar is en dat de conservatieven daarom de Times te grazen willen nemen. Bovendien is het Witte Huis in de verlegenheid gebracht. Volgens Keller is de regering-Bush de meest geheimzinnige sinds Nixon.