Hij zat vast voor zijn rol bij de bomaanslagen op het vakantie-eiland Bali in 2002. Abu Bakar Bashir is de vermeende leider van het regionale terreurnetwerk Jemaah Islamiyah, dat banden zou hebben met al-Qaida van Osama bin Laden.De 68-jarige geestelijke werd buiten de gevangenis in de hoofdstad Jakarta begroet door enkele honderden aanhangers die „Allahu Akbar” riepen. Bashir zei blij te zijn zijn vrijheid weer terug te hebben en bedankte zijn advocaten. Hij verklaarde verder „de strijd voor islamitische wetgeving voort te zullen zetten.”

Bashir werd beschuldigd van betrokkenheid bij de aanslagen op Bali, maar de aanklagers vonden geen bewijs. Hij kreeg evenwel dertig maanden cel omdat hij voorafgaande aan de aanslagen zijn zegen daaraan zou hebben gegeven. Wegens goed gedrag kreeg hij vier maanden strafvermindering.

Bashir keert als docent terug naar de kostschool die hij heeft opgericht. Zijn missie is de islamisering van Indonesië en Zuidoost-Azië. De opleiding werd gevolgd door veel studenten die zich later ontpopten als terrorist. Als docent schuwde Bashir krachtige kritiek op de Verenigde Staten en de oorlog tegen het terrorisme niet.

Bashir zou de ideoloog zijn van Jemaah Islamiyah, een met al-Qaida verbonden Zuidoost-Aziatische terreurorganisatie. Zelf zegt hij uitsluitend actief te zijn binnen de door hem opgerichte Raad van Moedjahedien voor Naleving van de Islamitische Wet en ontkent het bestaan van Jemaah Islamiyah. Hij zegt het slachtoffer te zijn geworden van een door de Verenigde Staten geïnspireerde samenzwering om de islam te ondermijnen.

Australië en de Verenigde Staten, volgens wie Bashir een belangrijk lid is van Jemaah Islamiyah, toonden zich teleurgesteld over diens vrijlating. Zij vrezen dat hij de kleine groep radicale Indonesische moslims met opruiende preken zal aanzetten tot geweld.

Bij de aanslagen op Bali verloren 88 Australische toeristen het leven. Jemaah Islamiyah wordt verantwoordelijk gesteld voor de bomaanslagen van 2002, aanslagen in de Indonesische hoofdstad Jakarta in 2003 en 2004 en drie min of meer gelijktijdige zelfmoordaanslagen op restaurants op Bali in oktober 2005. Daarbij vielen in totaal ruim 260 doden.