De gedaagde voerde het bevel over militairen die zich op 23 oktober 1993 onder meer in het moslimdorp Stupni Do in Centraal–Bosnië te buiten gingen. Ze maakten zich schuldig aan het moedwillig doden van mensen, onmenselijk handelen, het zich onrechtmatig toe–eigenen van andermans bezittingen en het aanrichten van verwoestingen niet door militaire noodzaak ingegeven.De aanklagers hadden Rajic in een tien punten tellende aanklacht ook oorlogsmisdaden ten laste gelegd. In ruil voor zijn schuldbekentenis op vier punten lieten ze de zes andere punten vallen. De aanklagers vroegen de rechters de gedaagde een straf op te leggen van niet minder dan twaalf jaar en niet meer dan vijftien.

Volgens voorzittend rechter Christine van den Wyngaert heeft Rajic zich schuldig gemaakt aan ernstige misdrijven. „De misdaden werden begaan op grote schaal, hadden een zeer gewelddadig karakter en veroorzaakte ernstige lijden bij de slachtoffers en hun familieleden", aldus de Belgische magistraat. Onder de slachtoffers waren zowel kinderen als bejaarden. Zo werden bijvoorbeeld „zeven leden van dezelfde moslimfamilie – twee mannen, drie vrouwen en twee kinderen van twee en drie jaar oud – verbrand teruggevonden in hun schuilplaats", ging de rechter verder.

De Bosnische Kroaat heeft als onderdeel van de deal beloofd medewerking te verlenen aan de aanklagers. Zo verschijnt hij vermoedelijk binnenkort als getuige in het proces tegen zes Bosnisch–Kroatische kopstukken die momenteel terechtstaan in Den Haag.