Als gevolg daarvan moet het ministerie van Volksgezondheid opnieuw nagaan onder welke voorwaarden de abortusboot van de stichting in aanmerking kan komen voor een vergunning. Het bestaande besluit, dat op 9 juli 2004 is genomen, moet vernietigd, aldus de raad.Op 15 november 2005 betoogde Women on Waves bij de Raad van State dat de afstandseis van 25 kilometer op willekeurige gronden is genomen. De raad gaat daarin mee en is er niet van overtuigd „dat in dit geval in redelijkheid een afstandseis van 25 kilometer kan worden gesteld.”

Van doorslaggevend belang is volgens de raad dat zich sinds het in werking treden van de abortuswet ontwikkelingen hebben voorgedaan op het gebied van communicatie en technologie „waardoor op een andere wijze dan oorspronkelijk was voorzien, kan worden gewaarborgd dat de behandeling voldoet aan de medische vereisten.” Een redelijke wetsuitleg brengt volgens de raad met zich mee dat het ministerie hiermee rekening houdt en van geval tot geval beoordeelt of een vergunning mogelijk is.

Concreet doelt de raad hiermee op het feit dat zwangerschappen op de abortusboot niet met instrumentele ingrepen, maar alleen door middel van een pil worden afgebroken. Bovendien gaat het om ingrepen bij een zwangerschapsduur van ten hoogste zeven weken.

Dat bij dergelijke ingrepen „in een voorkomend geval” vooraf dan wel achteraf fysieke consultatie nodig is, is volgens de raad inderdaad niet uitgesloten, maar het ziekenhuis dat wordt geraadpleegd behoeft daarvoor niet onmiddellijk in de buurt te zijn.

Onterecht houdt het ministerie bij de vergunningverlening geen rekening met de aard van de behandelwijze, oordeelt de raad verder. Dit betekent dat zij het verzoek om een voorwaardelijke vergunning, dat wil zeggen een vergunning voor alleen een medicamenteuze behandelwijze, in overweging had moeten nemen, terwijl dat niet is gebeurd.

De behoefte aan nazorg zou bovendien klein zijn, doordat veel patiënten de pil die een miskraam opwekt, veelal pas innemen wanneer zij weer thuis zijn.