Tijdens de inclusief een werklunch drie uur durende ontmoeting in het presidentieel paleis spraken de twee politici ook over de journalist Sander Thoenes die in 1999 tijdens het conflict op Oost–Timor door geweld om het leven kwam. De Indonesische president beloofde de Nederlandse zijde goed te blijven informeren over deze zaken, maar gebood ook het rechtsproces in Indonesië te respecteren.De Nederlandse premier prees de goede sfeer tussen beide landen tijdens de ontmoeting in Jakarta: „We hebben een gezamenlijke geschiedenis met een moeilijke bladzijde. Maar nu is het van belang wat we voor elkaar kunnen betekenen".

Balkenende nodigde het staatshoofd uit voor een tegenbezoek aan Nederland. Minister Van der Hoeven van Onderwijs en minister Brinkhorst van Economische Zaken zullen zich de komende maanden naar Indonesië begeven.

Veel aandacht gaven de twee politici tijdens het gesprek aan de heropbouw van Atjeh waarbij Balkenende 100 miljoen dollar toezegde.

„De solidariteit en hulp vanuit Nederland voor de slachtoffers van de tsunami wordt hier duidelijk gevoeld", aldus Balkenende na zijn ontmoeting met Yudhoyono.

De toezegging voor Atjeh vormde onderdeel van een nieuw samenwerkingsverband waarmee Nederland en Indonesië hun banden flink verstevigen. Balkenende gaf aan de steun aan onderwijs te intensiveren met speciale aandacht voor de deelname van islamitische hoger onderwijs in Indonesië aan Nederlandse projecten.