De synagoge dateert wellicht uit de tijd dat Portugese joden voor de keuze werden gesteld zich tot het christendom te bekeren of het land te verlaten als ze niet terechtgesteld wilden worden.Volgens het Vlaamse persbureau KerkNet werd het gebedshuis bij toeval ontdekt toen bouwvakkers de muren sloopten van een pand in het historische centrum van de stad.

De synagoge was verborgen achter een valse muur in een vier verdiepen tellende woning. De plaats waar de synagoge werd ontdekt, staat bekend als de joodse wijk.

Omstreeks 1492 vluchtten ruim 60.000 joden naar Portugal, nadat ze Spanje moesten verlaten. Ze werden gedwongen in joodse wijken te leven. Later werden ze voor de keuze gesteld zich tot het christendom te bekeren of Portugal te verlaten. Wie bleef, riskeerde vervolging. Zo werden bij een pogrom in Lissabon in 1506 ruim 3000 joden omgebracht.