Een overkoepelende organisatie, die circa 12.000 scholen vertegenwoordigt, vindt dat Musharraf met zijn eis mensenrechten en de grondwet schendt. Hij vindt dat de staat studenten niet mag verbieden kennis te vergaren. In totaal studeren er ongeveer 1400 buitenlanders aan madrassas.De Pakistaanse koranscholen gelden bij westerse inlichtingendiensten al jaren als broedplaatsen van de radicale islam, plekken waar moslimterroristen zouden worden „opgeleid". De Pakistaanse overheid heeft ondanks alle kritiek van buitenaf tot dusver nauwelijks echt opgetreden tegen de scholen, uit angst voor binnenlandse onrust.

Na de aanslagen deze zomer in Londen, toen bleek dat zeker een van de daders op een Pakistaanse koranschool was geweest, sprak Musharraf evenwel ferme taal aan het adres van de scholen. Het is onduidelijk of de president nu daadwerkelijk hard zal ingrijpen bij madrassas die zich niet aan zijn deadline willen houden.